固定污染源烟气在线监测系统的运行状态分为正常运行和非正常运行。在固定污染源排放烟气条件下，CEMS正常运行获得的监测数据，可判别为有效数据。对于监测值出现零值、负值、低于检出限、极高值、突变、连续不变、逻辑异常、与生产治污实际不符等现象时，明显异常的可判别为无效数据,无法判别的可采用参比方法监测或者标准物质检查的方式，检查设备准确度、示值误差、零点漂移、量程漂移、响应时间等技术指标，不符合要求的，从发现起至整改合格之间的数据为无效数据。相关技术指标按照技术规范要求执行。
CEMS非正常运行时，包括CEMS停运、故障、有计划的维护保养及校准校验时段产生的数据,均为无效数据。
数据状态标记
一般情况下，固定污染源烟气在线监测系统正常运行，监测数据上传至污染源自动监控平台后，自动生成“正常”和“实测”标记。
污染源生产设施启停或者在线监测系统非正常运行、数据异常时，运行维护单位在12小时内通过污染源自动监控平台填报信息对数据进行标记，数据标记主要有生产治污状态、在线监测设备运行状态、数据审核状态等。
数据修约替代
标记为无效数据的时段，可采用人工监测结果替代，-次人工监测结果最多替代监测时间前24个无效小时数据。未开展人工监测的，应按照HJ75修约补遗。
无效数据处理凭证
填报数据状态标记的,运行维护单位在24小时内上传凭证，凭证由排污单位和运行维护单位共同签字并盖章，凭证应包括异常发生的时间、原因、处理措施、照片等。数据超标时段填报异常数据标记的，还应拍摄影像资料，记录异常情况的现场排查过程,影像资料由排污单位存档备查，保存期限至少三年。
采用人工监测结果替代无效数据的,应在执行替代操作的同时上传监测报告。